בתנ"ך-בעצם "אלון-מורה" הוא שם נרדף לשכם או ציון מקום ליד שכם: "ויעבור אברם בארץ עד מקום שכם עד אלון-מורה"
(בראשיתי ב,ו).
היום, אלון מורה הוא על מורדותיו הדרומיים של שביל הר כביר במרחק קילומטרים ספורים משכם וצופה אל תל בלטה - שכם
המקראית.
שביל הר כביר נמתח לאורך כחמישה ק"מ מדרום מזרח לצפון מערב. פסגתו המערבית מתנשאת לגובה של 792 מ' מעל פני הים.
אלון מורה ממוקם מגובה 650 מ' ועד 750 מ' מעל פני הים.
שטחו המתוכנן של היישוב מגיע לכדי 4,000 דונם, כולם אדמות בבעלות המדינה, חלקם מכוסים בעצי אורן.
בנוף שרואים מהיישוב יש: בקצה שביל הר כביר (מצפון לו),יש את נחל תרצה, המושך מים בכל ימות השנה ובו עובר הכביש הראשי
לשכם - בקעת הירדן עד לגשר אדם. זוהי "דרך מבוא השמש", בה עברו, ע"פ המסורת, בני ישראל עם כניסתם לארץ בהנהגת
יהושע, לבנות מזבח בהר עיבל. מצפון לנחל השביל מהר טמון, וממזרח לו הבקעה והרי-גלעד. ממערב ליישוב צופים עליה הר עיבל
והר גריזים אתרי ההתרחשות המקראית של מעמד הברכה והקללה (יהושע פרק ח), ובתווך של העיר שכם. דרומית לאלון מורה, עמק
סוכר (עסכר) ובקעת בית דגן, (היישוב הערבי בית דג'ן) אשר בה מתוכננת דרך נוספת לבקעה, ועמק המכמתת אשר בו עוברת הדרך
הראשית שכם- רמאללה - ירושלים.
מזג האוויר באלון מורה נוח, בדומה לאוויר של ירושלים. (טיפה יותר קר ואוורירי)